Con 117 unidades de investigación, la Universidad Europea SEA-EU cuenta con la investigación y la innovación entre sus principales áreas de interés. Para ello cuenta con un subcomité dedicado al desarrollo y calidad de todas las actividades y tareas en esta área.
El subcomité está formado por expertos en investigación, que representan a todas las universidades asociadas. Se reúnen para garantizar el seguimiento de todas las actividades desarrolladas en el marco de los distintos programas de trabajo dedicados a la investigación y la innovación.
Entre las múltiples actividades, podemos citar la creación del observatorio de la economía azul orientado al desarrollo de habilidades innovadoras, la organización de talleres de buenas prácticas o la participación en convocatorias de proyectos destinados a sensibilizar a la ciudadanía la ciencia.