Posiadając 117 ośrodków badawczych konsorcjum SEA-EU ustanowiło badania i innowacje jednym z głównych obszarów swojej działalności. Dlatego też, w strukturach konsorcjum znajduje się podkomitet dedykowany badaniom, rozwojowi i innowacjom, który określa cele jakościowe i ilościowe działalności badawczej i transferowej, sprawdzając proponowaną metodologię i postęp prac biorąc pod uwagę poszanowanie wolności naukowców.
W skład Podkomitetu ds. Badań, Rozwoju i Innowacji, pod przewodnictwem Uniwersytetu w Kilonii, wchodzą reprezentanci każdego z uniwersytetów SEA-EU zajmujący się badaniami, jak również reprezentanci Partnerów Stowarzyszonych z dziedziny badań i ich transferu.
Wśród wielu działań podejmowanych przez SEA-EU na szczególną uwagę zasługuje powołanie jednostki badawczej błękitnej gospodarki, której celem jest rozwijanie umiejętności i kompetencji perspektywicznych, organizację warsztatów na temat dobrych praktyk, czy udział w konkursach i projektach mających na celu przybliżenie nauki lokalnej i nie tylko społeczności.